以亞磷酰胺寡核苷酸混合為例介紹該類儀器的一般操作步驟。亞磷酰胺DNA混合的試劑有：保護堿基的5/—DMT，A、G、C、T亞磷酰胺單體，四唑偶聯催化劑，乙酐，N—甲基咪唑封閉試劑，三***(TCA)脫保護溶液，12氧化混合物，乙腈清洗溶劑，氨水切除溶液。使用步驟如下：
1)仔細檢測DNA混合儀上所有試劑瓶中的試劑量，必要時換掉試劑瓶，特別注意乙腈的量，因為該溶劑用量較大。
2)將標記好的清潔的收集瓶裝在DNA混合儀上。
3)將要混合的DNA序列輸入混合儀。
4)檢測選擇的混合步驟是否正確。
5)選擇結束方法：TritylOffAuto是DNA混合儀的原始狀態，若打算以5，—DMT基團連接純化寡核苷酸，將其轉變為TritylOnAuto結束狀態。
6)選擇結束方法，一般為系統的原始狀態。
7)在每個柱監視器的Username下，輸入你所希望的保存名字。
8)以代碼代替相應的DNA序列標記每一個收集瓶。
9)打印出每一個柱設置的詳細資料。
10)檢測打印出來的資料是否正確。
11)運行StartColumn步驟檢測每一個柱的位置，確?；旌蟽x上混合柱處于正確的位置。
12)檢測連接在DNA混合儀上的溶劑殘留(廢液瓶)是否充滿。
13)如果分部收集器用來收集每個DMT脫保護步驟的流出物，確保試管充分清潔干凈，并打開分部收集器，確保DMT廢液管路通向分部收集器。
14)啟動循環，運行開始程序清洗試劑管路，除去原來的試劑。
注意：TritylOnAuto表示在混合寡核苷酸的5’端核苷酸帶有一個DMT，并將其從固相載體上切下來，儲存在收集瓶中；TritylOffAuto表示在混合寡核苷酸的5，端核苷酸沒有保護基團，將其從固相載體上切下來，儲存在收集瓶中；TritylOnManual表示混合寡核苷酸的5’端核苷酸帶有一個DMT，寡核苷酸沒有從固相載體上切下來，而是保留在混合柱中；TritylOffManual表示在混合寡核苷酸的5，端核苷酸沒有保護基團，寡核苷酸沒有從固相載體上切下來，而是保留在混合柱中。
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